提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
400余件艺术作品诠释“两岸一家亲”******
昨天上午,“源·缘——闽台艺术展”在中国国家博物馆南2展厅展出。本次展览由中国国家博物馆、福建省文化和旅游厅共同主办,福建博物院承办,共展出400余件闽台艺术作品,从戏曲、文学、书法、美术等方面诠释了“两岸一家亲、闽台亲上亲”,展览将开放至4月9日。
福建与台湾,在地缘、血缘、文化渊源等方面联系紧密,两岸经济文化交流最早可追溯至石器时代。安溪寮、福安里、泉州厝、兴化坑、永春陂、同安宅、龙岩庄等以福建漳州、泉州地名命名的台湾聚落,以及诏安、梅山等100多个闽台同名村镇,完整记录了福建先民开发台湾的历史轨迹。闽南话、氏族宗祠、布袋戏、妈祖信俗、闽南建筑等习俗与艺术形式,时时诉说着闽台同根的绵长柔情。
北京青年报记者从国博了解到,本次展览共分为4个部分。
序厅“同宗同源敦亲睦族”,通过族谱、家谱、古渡口路亭碑拓片、台湾同胞带回的台湾土壤等展品与抽象的闽南红砖建筑结合,展现中华民族“重土恋家、重视血缘”的文化传统。
第一单元“海峡之音合韵千年”,通过南音、芗剧(歌仔戏)、闽剧、莆仙戏、梨园戏、高甲戏、木偶戏以及现代戏等戏曲形式,展现闽台语言同系,闽台人民通过共同的戏曲传统所表达出的情感联结。
第二单元“艺蕴天工小康大同”,围绕闽台共同的生活习惯、信俗等,结合两岸工匠、艺术家共同创造的民间工艺以及工艺美术作品,展现闽台同根同源的展览主旨。
第三单元“妙笔生花写意中华”,通过文学、书法、绘画、漆画等艺术形式展现闽台文化是中华文化的一部分,两地文化渊源深厚。
展品中,来自福建博物院的“江加走雕木偶头”显示了福建木偶戏的源远流长。木偶戏在福建落地发展出多样的表演形式,其中提线木偶、布袋木偶与铁枝木偶并称“福建木偶三绝”。神奇绝妙的木偶表演技艺为福建赢得了“木偶之乡”的声誉。明清时期,木偶戏随着福建移民传播至台湾地区,成为联系两地人民文化和血缘亲情的重要载体。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)